Ur- oder frühgeschichtliche Wehrsiedlung auf dem Muot Padnal mit Wall und Graben sowie Rundmauer auf dem Hügel Umbrain.
Neben der Zerstörung durch österreichische Truppen 1499 und 1622 wurde Ftan vom 16.-19. Jahrhundert mehrmals durch Lawinenniedergänge und Dorfbrände (letztmals 1885) verwüstet. 1875 begann man mit Lawinenverbauungen und Aufforstungen. Seit dem Bau der Engadiner Talstrasse 1860-62 ist Ftan vom Strassenverkehr weitgehend abgeschnitten, auch die Bahnstation der RhB (seit 1913) liegt weit unterhalb des Dorfes.

Bekannt geworden ist Ftan vor allem durch die erste Privatschule des Kantons Graubünden (1793 eröffnet) – ein Internat, das früher nur junge Frauen ausbildete. Daher hiess es „Hochalpines Töchterinstitut Ftan (HTF)“. 1993 wurde es in „Hochalpines Institut Ftan“ umbenannt. Bekanntester ehemalige Schüler ist aktuell Dario Cologna, der Skilangläufer.

Auf den 1. Januar 2015 wird Ftan mit fünf anderen Gemeinden (Ardez, Guarda, Scuol, Sent und Tarasp) zusammen fusionieren und die flächenmässig grösste Gemeinde der Schweiz bilden. Mit etwa 4’700 Einwohnern wird sie zugleich die grösste bündnerromanische Gemeinde überhaupt sein.

1850 hatte Fettan 504 Einwohner und bereits seit 1838 eine Postablage.