Schon 1204 ist am Schamserberg eine Gemeinde freier Bauern mit eigenem Niedergericht urkundlich nachgewiesen. Auf das Jahr 1243 datiert die erste noch erhaltene Nennung von Clugin (in der rätoromanischen Form Clugen). Für das 13. Jahrhundert ist der Landesausbau mit Getreideanbau und Viehwirtschaft belegt. Landesherren im Schams waren zuerst das Bistum Chur, danach die Freiherren von Vaz, später die Werdenberger und ab 1456 wieder die Churer. Dann hatten die Schamser genug von fremden Herren und offensichtlich auch genug Geld, denn 1458 kauften sie sich frei. Auf dem Gemeindegebiet von Clugin liegt die Ruine der Burg Cagliatscha.

Clugin war eine der kleinsten selbstständigen Gemeinden der Schweiz. Die ehemalige Gemeinde zählte auch im 19. Jahrhundert nie mehr als 80 Einwohner. Auf den 1. Januar 2009 hat Clugin mit Pignia und Andeer zur Gemeinde Andeer fusioniert.

1850 hatte Clugin 72 Einwohner und erhielt am 01.06.1855 eine Postablage. 2000 hatte Clugin noch 33 Einwohner.